Заснована школа в 1887 році. Тип школи – церковно-приходська однокласна школа на три групи і з трирічним строком навчання.

В 1907 році школу реорганізовано в двокласну церковно-приходську з п’ятьма групами.

Школа утримувалась за рахунок держави.

Зарплата вчителів становила 30-32 крб. на місяць

Дівчатка і хлопчики навчались разом, але кількість дівчаток не перевищувала 25% загального числа учнів школи. Всі предмети читались тільки  російською мовою.

Навчальний рік починався першого вересня і закінчувався 30 квітня . Протягом навчального року для учнів за навчальним планом відводились дві перерви на канікули. Перша двотижнева перерва була під час різдвяних свят, а друга - під час святкування Великодня. Кожного дня було 5 уроків.

Тривалість уроку – 1 година. Перерви між уроками - 10 хвилин, а велика перерва – 1год.

За провини учні несли фізичні покарання. В церковно-приходських школах працювали за програмами, затвердженими радою церковно-приходських шкіл. Основним уроком був «Закон Божий», який читався 2 рази на тиждень, а молитви проводилися щоденно на першому уроці. Години в школі розподілялись приблизно так:

      1.Арифметика - 4 год на тиждень

      2.Російська мова – 4 год на тиждень

      3.Природознавство - 3 год на тиждень

      4.Співи - 1 год на тиждень

      5.Креслення – 1 год на тиждень

      6.Географія – 3 год на тиждень

      7.Закон Божий – 2 год на тиждень

      8.Чистописання – 4 год на тиждень

      9.Історія – 2 год на тиждень.

Інспектування школи проводилось з боку «наглядача» церковно-приходських шкіл, який ніякої допомоги вчителям не надавав, а виконував функції ревізора.

З 1917 року в школі навчання майже не проводились в зв’язку з тим, що на територію села Мурафа часто нападали банди білогвардійців. Тільки в 1921 році навчальний процес відновився. В цей час учні навчалися за старим навчальним планом церковно-приходської школи.

В 1922 році церковно-приходська школа була реорганізована в Старомурафську  початкову школу з чотирьохрічним строком навчання.

В 1934 році при Старомурафській початковій школі був відкритий 5-й клас і школа поступово стала семирічною.

З ростом кількості класокомплектів зросла кількість вчителів. Якщо в 1934 році було 6 учителів, то в 1938 році було 10.

Учні школи брали активну участь у ліквідації неписьменності серед населення. Кожному учню було дано завдання - навчити читати і писати свого старшого брата чи сестру, батька або матір.

В 1937 році школа стала Старомурафською неповною середньою школою із семирічним навчанням.

В період Великої Вітчизняної війни село Стара Мурафа (тепер Мурафа) було тимчасово окуповане румунами. Заняття в школі майже не проводились. Матеріальна база школи була знищена окупантами, шкільний сад вирубано.

Коли 19 березня 1944 року Стара Мурафа була звільнена від окупантів, розпочалася відбудова рідного колгоспу, школи та інших державних підприємств. Відновилися заняття в школі, яка в перші роки після звільнення була чотирьохрічною, а згодом знову стала семирічною.

Вже в 1951 році кількість учнів школи різко збільшилась. Школа мала 7 класокомплектів, працювало 13 учителів, число учнів становило 250-275 чоловік.

В 1956 році село Стара Мурафа було перейменовано в село Жданово. З 1960 року в школі відкрито 8-й клас, і з цього часу школа стала називатись Ждановською восьмирічною школою.

В 1964-65 навчальному році до Ждановської восьмирічної школи було приєднано Травнянську початкову школу. Кількість учнів  становила 336 чоловік.

В 1967 році було закінчено будівництво нового приміщення школи на 6 класних кімнат. Тут розмістились 4 початкових класи, фізичний кабінет та бібліотека. А старе приміщення, де була бібліотека, було зруйновано.

В 1966-67 навчальному році розпочалось будівництво нового приміщення школи (воно добудовано до того, що було збудовано 1967 року) і закінчилося  в 1978 році. В школі на цей час працювало 15-16 учителів. За кількістю учнів це була одна з найбільших восьмирічних шкіл (понад 300 учнів). За ініціативи директора школи Подолянина М.М. в 1981 році розпочалося будівництво нової триповерхової школи з спортзалом, актовим залом та басейном і закінчилося в 1983 році. З цього часу школа має статус середньої. В 1987 році приміщення школи було добудовано - 12 класних кімнат та спортзал (на 1000 куб.м).

В 1989 році школу було перейменовано на Мурафську.

У 2008-2009 навчальному році у школі навчається 442 учня у 20-ти класах.

З них 1-4 класах – 116 учнів, 5-11 класах – 326 учнів

Кількість працівників школи – 79 осіб. З них педагогічних працівників – 42, бібліотекарів -1, медсестра -2, обслуговуючого персоналу – 34, працівників їдальні – 2.